Отдел включает в себя сектор озерного и прудового рыбоводства (зав. сектором Ниязов Н.С.) и группу болезней рыб. В отделе два доктора, три кандидата наук и один аспирант.
     
  Выполняет следующие виды работ:    

  - разработка технологических схем и нормативов выращивания рыбы в различных водоемах;
  - кадастровое обследование рыбохозяйственных водоемов;
  - разработка и составление рыбоводно-биологических обоснований (РБО) и рекомендаций по зарыблению и эксплуатации разнотипных водоемов;
  - ведение мониторинга эпизоотической обстановки в прудовых хозяйствах и эксплуатируемых озерах. Изучение причин возникновения инвазионных, инфекционных болезней и токсикозов рыб с последующей выдачей рекомендаций по оздоровлению водоемов;
  - разработка технологии эксплуатации искусственных водоемов для выращивания в них ценных видов рыб;
  - научное сопровождение рыбоводных работ на разнотипных водоемах.