Сотрудники головного института совместно с филиалами работают над проблемами выращивания молоди и товарной рыбы в озерах Урала и Сибири и искусственного воспроизводства ценных видов рыб. За последние годы выполнены и внедрены следующие основные разработки:
- технология выращивания в моно-, би- и поликультуре сиговых рыб, карпа и растительноядных рыб в заморных озерах на естественных и с применением искусственных кормов;
- технология товарного выращивания пеляди в озерах Урала и Сибири;
- биотехнология искусственного воспроизводства и товарного выращивания тугуна.

Опытная партия товарной продукции отмечена золотой медалью международной сельскохозяйственной выставки «Зеленая неделя – 2003» в Берлине.
- способы прогнозирования эпизоотической обстановки в рыбоводных хозяйствах по основным паразитарным заболеваниям, комплекс оздоровительных и профилактических мер, позволяющий регулировать в озерах численность паразитов;
- технология формирования маточных стад осетра и стерляди с использованием геотермальной воды, позволяющая значительно ускорить темп их роста и полового созревания;
- биотехнология сбора икры сиговых рыб экологическим методом в реках Западной Сибири, позволяющая на 40 % увеличить вы-ход икры от одной самки в сравнении с традиционным способом. Научная разработка «Экологический (прижизненный) метод сбора икры сиговых рыб» стала лауреатом Международной рыбопромышленной выставки «Рыбпромэкспо-2007» в номинации «Инновации в рыбной отрасли 2007» и отмечена медалью «Знак качества»;
- технология выращивания жизнестойкой молоди муксуна и пеляди средней массой тела 5–6 г со-ответственно, в специально подобранных пойменных водоемах, в количестве более 20 млн. экз.;
- технология формирования маточных стад сиговых рыб и форели путем их выращивания в садках на искусственных кормах;
- кадастр озёрного фонда Юга Тюменской области и разработка практических рекомендаций по рациональному использованию озёр. Разработка РБО на зарыбление водоёмов ценными видами рыб.
В Госрыбцентре и в филиалах большое внимание уделяется совершенствованию технологии искусственного воспроизводства ценных видов рыб (сибирского осетра, муксуна и пеляди). Кроме того, совместно с филиалами проводятся работы по формированию маточных стад сиговых в озерах Урала и Западной Сибири.